EBOTOTO mengikuti perjalanan EBO, robot kecil yang aktif kembali ketika sebagian fasilitas kota otomatis tiba-tiba berhenti bekerja. Pemain menjelajahi terminal transportasi, taman pintar, pusat layanan, dan kawasan industri untuk mencari sumber gangguan. Pemindai milik EBO dapat membaca sinyal perangkat sehingga mesin yang masih aktif dapat dibedakan dari bagian yang membutuhkan pemeriksaan lebih lanjut.

Perjalanan dalam Situs EBOTOTO berkembang melalui sistem modul yang memberikan fungsi berbeda kepada EBO. Modul magnet membantu memindahkan komponen logam, unit sensor dapat mendeteksi jalur sinyal tersembunyi, sedangkan perangkat penghubung digunakan untuk menyatukan kembali mesin yang terputus dari jaringan kota. Pemain perlu memilih fungsi yang sesuai dengan masalah pada setiap fasilitas.

Ketika satu fasilitas berhasil dipulihkan, pengaruhnya dapat terlihat pada bagian kota lainnya. Terminal yang kembali aktif menggerakkan transportasi, jaringan penerangan membuka kawasan gelap, dan mesin layanan membantu karakter kembali beraktivitas. EBOTOTO menjadikan perjalanan EBO sebagai proses memahami hubungan antarperangkat hingga kota otomatis perlahan berfungsi kembali.